Die Frauenkirche als zweite Kirche neben der barocken Pfarrkirche der Kirchengemeinde Ehingen war in den vergangen Jahrhunderten weit und breit als Wallfahrtskirche zur schmerzhaften Muttergottes bekannt. Sie ist weit älter als die jetzige Pfarrkirche. Laut vorhandener Urkunde wurde sie am 5. September 1494 durch den damaligen Bischof zu Augsburg zu Ehren der hl. Jungfrau Maria geweiht. Die Stifter dieser Kirche und die Zeit des Baubeginns sind nicht bekannt.
Die Kirche wurde am Nordostende des Ortes Ehingen im altgotischen Stil erbaut. Sie steht auffallenderweise am tiefsten Punkt des Ortes, an einer sumpfigen Stelle, vermutlich auf einem Fundament aus Eichenpfählen. Unter der Kirche fließt eine Quelle hervor. Deshalb wird sie auch Wasserkirche genannt.
Der ansehnliche Bau hat infolge Zerstörung und Brand im 30-Jährigen Krieg manche Veränderung erfahren. Merkwürdig und sehenswert zugleich ist besonders das Innere der Kirche. Der Hochaltar, aus Holz gefasst, mit der großen, vergoldeten Muschel, davor die Pieta der schmerzhaften Muttergottes aus Holz gefasst um 1500, Gnadenbild der Wahlfahrt. Am Beginn des Langhauses stehen links und rechts die beiden Seitenaltäre.
An der Nordseite der Kirche haben die Fugger der Linie Nordendorf im Jahre 1675 die Grabkappelle angebaut. Darin befindet sich ein kleiner Altar aus wertvollem Rotmarmor.
Die vorhandene Stuckdecke wurde von den bekannten Stukkateuren Schmutzer gefertigt. In der Zeit von 1691 bis 1876 fanden in der Gruft an der Westseite der Kapelle 11 verstorbene Grafen und Gräfinnen sowie ein Hausarzt der Fugger ihre letzte Ruhestätte. An der Nordwand des Langhauses befindet sich die eindrucksvolle Kreuzigungsgruppe. Der gekreuzigte Christus, ein hervorragendes Werk aus dem Jahre 1515, wurde von dem Augsburger Künstler Hans Daucher geschaffen. Die Kanzel und der Ölberg mit den aus Holz geschnittenen Aposteln Petrus, Paulus und Johannes, geschaffen von dem Holzbildhauer Kaspar Menneler aus Augsburg im Jahre 1608 und die vielen Ölgemälde ergänzen die künstlerische Innenausstattung der Frauenkirche.